Según comentas parece que quieres modernizar el estilo de la web. Esto suele ser positivo aunque baje alguna posición inicialmente, luego suele mejorar puestos. Debes tener cuidado con mantener o mejorar la estructura de etiquetas H1, H2… son los títulos de página y apartados y son muy importantes. También si vas cambiar el tema de WordPress o algún script de estilos busca uno que no ralentice la web y la haga más sencilla de utilizar.
En el peor de los casos siempre puedes guardar una copia de seguridad de la web antigua y volver a ella si a Google no le gustan tus cambios.

Buena pregunta Darío. Cambiar el estilo de menú si al final tienes los mismos enlaces no debería tener ningún efecto. Si pones el mega-menu para poner más enlaces a otros sitios Google probablemente distribuya la autoridad de la página entre más webs y dé menos importancia a las principales. Una buena práctica podría ser poner las páginas importantes en menús de primer nivel y las secundarias en menús desplegables. De cualquier forma puedes probar durante un mes y volver a la configuración anterior si notas que empeora el posicionamiento.